本职业各级别的`认证分为考试和考核两部分。考试内容包括三部分;第一部分，药学咨询师及其职业相关法规;第二部分，专业知识;第三部分，基本技能。
考试采用闭卷笔试，考试题目从题库中随机提取，按标准答案评分。考试成绩采用百分制，达60分以上者为合格。
高级药学咨询师的实际能力考核，采用专家组综合评审方式进行，考生应提前三个月上报个人业绩资料(著作、论文、专利和研究成果证书)和单位出具的推荐意见。
已具有药学或医学专业正高职称，正在从事药学临床和教学工作的人员可不参加理论知识综合考试，由单位推荐并直接向专家组提交个人业绩资料申报高级药学咨询师资格，由专家组进行综合评审。